- a -

• AA : Vcf_data
• AC : Vcf_data
• AF : Vcf_data
• AN : Vcf_data
• args : Environment
• author : Environment

- b -

• base : Base , quartet
• binary : Allele , Data , File_index , Key , Linkage , Sample_gof , Sample_name , State
• binary_ : Base_file
• BQ : Vcf_data
• buffer_ : Base_file

- c -

• commands : Environment
• compressed_ : Base_file
• concatenated_ : Base_file
• cov : Pooled_data
• coverage : Allele
• cumulative_size_ : File_index

- d -

• D_ : Linkage
• DB : Vcf_data
• delim : Allele , Key , Linkage , Log , Pedigree , Phenotype , Pooled_data , Relatedness , Sample_gof , Sample_name
• delim_column_ : Base_file
• description : Environment
• DP : Vcf_data

- e -

• e1 : Allele
• e2 : Allele
• E2_ : models
• efc : Allele
• emsg : Argument , Command , Flag
• END : Vcf_data
• error : Allele
• excluded : Allele

- f -

• f : Allele , Population
• fact_vector : binomial
• file_ : Base_file
• file_index_ : Indexed_file< T >
• file_name : Allele , Data , Key , Linkage , Log , Pedigree , Phenotype , Pooled_data , Population , Relatedness , Sample_gof , Sample_name , State
• filename_ : Base_file
• fit_ : Linkage
• fixedll : Pooled_data
• flags : Environment
• footer_ : Environment
• freq : Allele
• func : Argument , Command , Flag

- g -

• gof : Allele
• gzin_ : Base_file
• gzout_ : Base_file

- h -

• h : Allele
• H2 : Vcf_data
• hwell : Allele

- i -

• id0 : Linkage
• id0_ : File_index
• id0_str_ : File_index
• id1 : Linkage
• igl_ : Population
• in_ : Base_file
• indexed_ : Base_file

- l -

• last_id0_ : File_index
• last_id0_str_ : File_index
• likelihoods : Population
• likelihoods_ : Relatedness
• lnfact_vector : lnmultinomial
• lnmm_ : models
• lnp_ : lnmultinomial
• lopt : Argument , Command , Flag

- m -

• m : Population
• major : Allele , Population
• masked : Base , quartet
• minor : Allele , Population
• MM : Allele
• Mm : Allele
• mm : Allele , Genotype
• MQ : Vcf_data
• MQ0 : Vcf_data

- n -

• N : Allele , Genotype
• name : Environment
• names_ : Pooled_data
• Ni_ : Linkage
• NS : Vcf_data
• null_ : Linkage
• null_error : Allele
• null_error2 : Allele

- o -

• open_ : Base_file , File_index
• openmode_ : Base_file
• operand_type : Argument
• opt : Argument , Command , Flag
• out_ : Base_file

- p -

• p : Pooled_data
• p_ : binomial , Linkage
• parm : Argument , Flag
• polyll : Pooled_data
• pooled : Allele
• positional_args : Environment
• profile_ : Bcf2pro_file

- q -

• q_ : Linkage

- r -

• read_ : Base_file
• ref : Allele
• required : Argument
• required_args : Environment
• required_coms : Environment

- s -

• sample : Locus
• sample_names_ : Locus , Population
• SB : Vcf_data
• set : Argument , Command , Flag
• sites : Relatedness
• size_ : File_index , lnmultinomial
• SOMATIC : Vcf_data
• sorted_ : Locus

- t -

• table_name : Allele , Data , Key , Linkage , Log , Pedigree , Phenotype , Pooled_data , Population , Relatedness , Sample_gof , Sample_name , State
• table_open_ : Base_file
• try_binary_ : Base_file

- u -

• umsg : Argument , Command , Flag

- v -

• VALIDATED : Vcf_data
• version : Environment

- w -

• write_ : Base_file

- x -

• X_str_ : Relatedness

- y -

• Y_ : Relatedness
• Y_str_ : Relatedness